Die Geschichte der Bühne reicht in das Jahr 1951 zurück. Damals zog das Atelier Theater in das frisch erbaute Haus an der Effingerstrasse ein. Friedrich Dürrenmatt inszenierte hier in der Spielzeit 1959/60 eines seiner berühmtesten Werke, «Der Besuch der alten Dame».

Als die öffentliche Hand 1995 beschloss, zukünftig die Subventionen in der Höhe von 1,2 Millionen Franken zu halbieren und dafür vermehrt die freie Szene zu unterstützen, entschied die Atelier Theater AG, den Betrieb zu schliessen.

Unter dem Motto «Und der Vorhang hebt sich doch» wagte es der Theatermacher, Regisseur und Autor Markus Keller zusammen mit Ernst Gosteli, ehemaliger kaufmännischer Leiter des Stadttheaters, und der Schauspielerin Marianne Weber, das Theater unter neuem Namen und ohne Subventionen wiederzueröffnen. Die erste Spielzeit startete am 4. Oktober 1996 mit einem Stück von Irmgard Keun, «Das kunstseidene Mädchen». Damals konnte sich noch niemand vorstellen, welche Erfolgsgeschichte das Theater nach diesem mutigen Neuanfang schreiben würde.

Mittlerweile ist das Theater an der Effingerstrasse schweizweit bekannt, gehört zu den meistbesuchten Spielstätten im Land und wird auch wieder durch öffentliche Gelder unterstützt. Nahezu zwei Drittel der Einkünfte werden jedoch durch verkaufte Eintritte generiert, wozu die hohe Zahl der Abonnent:innen wesentlich beiträgt. Im Spielbetrieb sind in jeder Saison neun Eigenproduktionen zu sehen, darunter ein Jugendstück. Der vielseitige Spielplan, der sich aus Klassikern, zeitgenössischer Dramatik sowie Film- und Literaturadaptionen zusammensetzt, kommt beim Publikum gut an.

Nach über 200 Produktionen feierte das Team am 4. Oktober 2016 das 20-jährige Bestehen des Theaters. «Wir feiern nicht die Zahl zwanzig, sondern unser Publikum, das uns all die Jahre mitgetragen hat, und all die Geschichten, die wir auf die Bühne gebracht haben, die unsere Zuschauerinnen und Zuschauer begeistern, inspirieren und berühren», sagte damals der künstlerische Leiter Markus Keller.

Mit knapp 36 000 Eintritten erreichte das Theater in der Saison 2018/19 einen vorläufigen Höhepunkt bezüglich Zuschauerzahlen. In der darauffolgenden Spielzeit musste es jedoch aufgrund des Coronavirus während drei Monaten seine Türen schliessen. Zwei geplante Produktionen konnten nicht gezeigt werden. Stattdessen produzierte das Theater eine kleine Serie, «Business Class» von Martin Suter, die auf die Website gestellt und unentgeltlich angeschaut werden konnte. Das Echo war überwältigend und das Publikum fühlte sich mehr denn je mit dem Haus verbunden.

Mit Ende der Spielzeit 2019/20 übergab Markus Keller die künstlerische Leitung an Alexander Kratzer, der seit 2009 regelmässig am Theater an der Effingerstrasse inszeniert hat.  

Mit Beginn der Spielzeit 2022/23 wird Christiane Wagner Künstlerische Leiterin am Theater an der Effingerstrasse.