geboren am 6. Dezember 1929 in Berlin. Studium an der Wiener Musikakademie, danach Orchestermusiker (Cellist) bei den Wiener Symphonikern bis 1969, gründete 1952 das Ensemble Concentus musicus Wien, dessen Leiter er war und das seit 1957 ausschließlich auf Originalinstrumenten spielt. Tourneen führten Harnoncourt und seinen Klangkörper durch ganz Europa, in die USA, nach Australien und Neuseeland.

Seit 1971 maßstabsetzende Dirigate und Einstudierungen von Monteverdi-Opern u. a. in Amsterdam, Darmstadt, Frankfurt (M.), Mailand, Warschau, Wien. Ab 1977 als Zyklus am Opernhaus Zürich (Orfeo, Ulysses, Poppea, szenische Realisierung des VIII. Madrigalbuches) - der eine weitgehende Renaissance der Barockoper bedingte, durch Tourneen vielerorts bekannt, vom Fernsehen aufgezeichnet wurde und als Plattenproduktion internationale Preise errang. Als krönenden Abschluß realisierte Harnoncourt im März 1984 in Originalbesetzung (mit Dulziane, Zinken und Barockposaunen) die Monteverdische Marienvesper von 1610. Seit Mitte der siebziger Jahre Hinwendung Harnoncourts zur Wiener Klassik, insbesondere zum Werk Mozarts.

1972 zum Professor am Mozarteum und an der Universität Salzburg berufen. 1981 Beginn eines Mozart-Zyklus in Zürich mit Idomeneo, danach Lucio Silla; die Produktion Die Entführung aus dem Serail (1984), wurde - durch den Umbau des Zürcher Opernhauses bedingt - in Schwetzingen realisiert.

Schon fast von Anfang verbreitete der Concentus musicus seine Musik auch auf Tonträgern. 1971 begann er seinen exklusiven Plattenvertrag mit Telefunken (später Teldec), der erst 2003 aufgelöst wurde und mittels dessen hunderte von Einspielungen veröffentlicht wurden, darunter die Gesamteinspielung aller Bach-Kantaten in Zusammenarbeit mit Gustav Leonhardt zwischen 1971 und 1990.

Am Theater an der Wien dirigierte Harnoncourt im März 2006 eine Wiederaufnahme der Lucio Silla-Produktion der Wiener Festwochen. Im April 2006 leitete er dort eine szenische Realisierung von Mozarts Die Schuldigkeit des ersten Gebots (Regie Philipp Harnoncourt), die im Rahmen des Festivals Osterklang stattfand.

Von 2007 an ist Harnoncourt als Operndirigent im Theater an der Wien tätig: Am 17. November leitete er die Premiere von Joseph Haydns Orlando paladino (Regie Keith Warner). Weitere Produktionen sind in den Folgejahren vorgesehen.

Am 5. Dezember 2009 erfolgte dort die Premiere einer Aufführungsserie der Haydn-Oper "Il mondo della luna". Nikolaus Harnoncourt dirigierte seinen Concentus Musicus Wien, die Regie übernahm Tobias Moretti.

Harnoncourt gilt als einer der bedeutsamsten interpretatorischen Anreger unserer Zeit.