Bevor er sich der (Musik-)Theaterregie widmete, stand Stephan Witzlinger zunächst 13 Jahre als Musicaldarsteller auf der Bühne und wirkte in zahlreichen Musicals, Opern und Sprechtheaterproduktionen als Sänger und Schauspieler mit. Seine Vielseitigkeit stellte er auch mehrfach als Puppenspieler unter Beweis und kann auf eine lange Liste an Engagements verweisen, u. a. am Burgtheater Wien, Theater Regensburg, Theater Koblenz, der Komischen Oper Berlin, dem Staatstheater am Gärtnerplatz München sowie dem Theater des Westens Berlin.

Er absolvierte ein Bachelorstudium der Theaterwissenschaft an der Universität Wien und begann bereits während des Studiums, eigene Regiearbeiten zu verwirklichen. Er inszenierte in dieser Zeit zahlreiche Komödien mit Amateurtheaterensembles, wie Otello darf nicht platzen, Ladies Night, Es war die Lerche, Cyrano in Buffalo, Das perfekte Desaster Dinner, Der nackte Wahnsinn, Pension Schöller sowie den Klassiker Jedermann.

Im professionellen Bereich folgten bald mehrere Uraufführungen (u. a. am Dschungel Wien): eine selbstverfasste Adaption von Alice im Wunderland, Das wichtigste und größte Buch der wortgewandtesten Wörter sowie Dumpfbacke. Mit Anatevka inszenierte er sein erstes Musical, führte Regie an den Kammerspielen Wiesbaden bei Die Werkstatt der Schmetterlinge, gab im Februar 2020 mit Peter Maxwell Davies’ Die beiden Fiedler (P.M. Davies) sein Regie-Debut an der Staatsoper Hamburg und ist seit der Spielzeit 2021/22 am Theater Erfurt als Abendspielleiter engagiert. Im Frühjahr 2022 brachte er mit großem Erfolg Joseph and the Amazing Technicolor Dreamcoat (Webber) zur Premiere.

In der Spielzeit 2022/23 werden seine Inszenierungen von Rotkäppchen muss weinen am Theater Erfurt sowie Die Reise zum Mond (A. Norman) an der Staatsoper Hamburg zu sehen sein. Weiters gibt er mit der kurzfristigen Übernahme der Regie der Barockoper Telemaco (Gluck) sein Debut als Opernregisseur am Theater Erfurt.