1968 in Döbeln geboren, studierte Regie an der Russischen Theaterakademie RATI-GITIS in Moskau. Ab 1996 war er im Team mit Thomas Ostermeier und Jens Hillje an der Baracke am Deutschen Theater in Berlin engagiert. 1999 inszenierte er am Omsker Schauspielhaus in Sibirien und leitete ein Festival deutschsprachiger Dramatik in St. Petersburg. Unter Intendant Luc Bondy war er ab 2002 künstlerischer Leiter der Reihe „forumfestwochen ff“ der Wiener Festwochen, 2007 und 2008 Künstlerischer Leiter des Festivals Theaterformen in Hannover und Braunschweig. Von 2008 bis 2010 hat er die Programmabteilung für die Kulturhauptstadt Europas Tallinn 2011 aufgebaut. 2011 bis 2014 leitete er gemeinsam mit Almut Wagner die Dramaturgie am Düsseldorfer Schauspielhaus unter Staffan Valdemar Holm.

2014 wurde er Schauspielchef und später Chefdramaturg der Wiener Festwochen unter Intendant Markus Hinterhäuser. In 2017 kuratierte er das Rolex Arts Weekend in Berlin, die Präsentationsplattform der Rolex Mentor und Meisterschüler Initiative. Er übergab 2018 am Humboldt Forum in Berlin den Bereich Programm und Veranstaltungen, den er seit 2016 strukturell aufgebaut und geleitet hat. Stefan Schmidtke ist Programmdirektor von Theater der Welt 2020. Das Festival des Internationalen Theaterinstituts (ITI) wurde vom Düsseldorfer Schauspielhaus veranstaltet und fand vom 14. bis 31. Mai 2020 in Düsseldorf statt.

Ende 2021 wurde er als Programm-Geschäftsführer für die Kulturhauptstadt Europas nach Chemnitz berufen.