Tom Kühnel studierte von 1992 bis 1996 Regie an der Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch in Berlin. Seit seinem Regiestudium und seinen Inszenierungen am Frankfurter TAT arbeitet er mit der Puppenspielerin und -bauerin Suse Wächter zusammen. Für Helden des 20. Jahrhunderts verbanden sie sich 2005 erstmals mit dem Berliner Rundfunkmoderator Jürgen Kuttner. 1994 erhielt das Regieteam Tom Kühnel und Robert Schuster den Friedrich-Luft-Preis. Danach inszenierten beide in Berlin und Frankfurt am Main. 1998 begannen sie, gemeinsam mit Soeren Voima Klassiker zu bearbeiten und eigene Stücke zu schreiben. Von 1999 bis 2002 übernahm Tom Kühnel mit Robert Schuster und Bernd Stegemann die künstlerische Leitung des Theaters am Turm (TAT) in Frankfurt. Seit 2000 inszeniert er solo, u. a. an der Berliner Schaubühne, am Theater Basel, am Deutschen Theater Berlin, an der Volksbühne Berlin, am Thalia Theater Hamburg, am Schauspiel Graz und am Schauspiel Köln. Von 2009 bis 2019 war er Hausregisseur am Schauspiel Hannover.